امام خمینی(س) در ۱۶ آبان ۱۳۵۸ مصادف با ۱۶ ذی الحجه ۱۳۹۹ از قم محمد علی رجایی را به عنوان وزیر آموزش و پرورش منصوب کرد.
به گزارش پایگاه اطلاع رسانی آستان،حکم امام راحل برای انتصاب وزیر آموزش و پرورش به این شرح است:
بسمه تعالی
جناب آقای محمدعلی رجایی
طبق پیشنهاد شورای انقلاب جمهوری اسلامی ایران، جنابعالی به سمت وزیر آموزش و پرورش منصوب می‌شوید. از خداوند متعال، توفیق جنابعالی را در ایفای وظایفی که عهده دار شده اید و جلب رضای مقدسش را خواهانم.
روح الله الموسوی الخمینی 
منبع:صحیفه امام جلد ده ص ۵۰۴